Кирилл Серебренников родился 7 сентября 1969 года в Ростове-на-Дону в семье врача-уролога и учительницы литературы. В школе поставил свой первый спектакль, потом занимался режиссурой в студенческие годы. В 1992 году с красным дипломом окончил физический факультет Ростовского государственного университета.
За семь лет поставил десять спектаклей во всех театрах Ростова-на-Дону, некоторые постановки Серебренникова признавались лучшими спектаклями сезонов и получали призы на театральных фестивалях.
С 1998 года режиссер Серебренников пришел в кино, снял шесть художественных фильмов, один документальный и четыре сериала. Работал на телевидении, в 2007 году вел ток-шоу "Детали" на канале СТС.
В 2012 году Кирилл Серебренников стал художественным руководителем Московского драматического театра имени Гоголя. Вскоре после своего назначения переформатировал театр в «Гоголь-центр» с тремя труппами-резидентами, программами кинопоказов, концертов, лекций и открытых дискуссий.
В мае 2017 года Следственный комитет возбудил уголовное дело о хищениях в "Гоголь-центре". Сначала Серебренников проходил по делу свидетелем, но 22 августа был задержан по подозрению в хищении не менее 68 миллионов рублей, выделенных на проект "Платформа". В тот же день ему было предъявлено обвинение, своей вины режиссер не признал.