Елена Малышева окончила среднюю школу №19 г. Кемерово с золотой медалью и поступила в Кемеровский медицинский институт на лечебный факультет, который окончила с красным дипломом в 1984-м. В том же году поступила в аспирантуру Академии медицинских наук в Москве. В 1987-м защитила диссертацию на соискание ученой степени кандидата медицинских наук. Поработав некоторое время врачом-терапевтом, Малышева стала ассистентом кафедры внутренних болезней Второго мединститута.
В 1992 году начала работу в программе "Рецепт" на телеканале "Кузбасс" (город Кемерово). В 1993-м была автором и ведущей передачи "Лазарет" (Пятый канал, ТК "Северная корона"). В 1994 году - автор и ведущая ежедневной программы "Врача вызывали?" в рамках канала "Деловая Россия" (РТР). В том же году прошла обучение в Европейском центре здоровья и окружающей среды в США. На этот же курс были приглашены наиболее выдающиеся журналисты Европы, занимающиеся тематикой здоровья.
В 1997 году на ОРТ была возрождена программа "Здоровье", и Елена Малышева стала ее ведущей, руководителем и автором. Передача выходила и на «Радио России».
В 2007 году Малышева защитила диссертацию на соискание ученой степени доктора медицинских наук в ММА им. И.М. Сеченова. С 2007 года - член Академии российского телевидения. С 16 августа 2010 года - ведущая передачи "Жить здорово!" на Первом канале. Автор более 50 научных публикаций в области медицины. С 2012-го активно занимается продвижением коммерческого проекта "Диета Елены Малышевой". Профессор Московского государственного медико-стоматологического университета.