Марат Хуснуллин родился в 1966 году в Казани. После школы поступил в Казанский финансово-экономический институт и в 1990 году окончил его, получив специальность «экономист». Через десять лет после этого проходил переподготовку в Британском открытом университете по специальности «профессиональный менеджмент».
Начинал свою трудовую деятельность в родном институте. После службы в армии и учебы работал в строительном бизнесе, в компании «Татэнерго». Занимал пост министра строительства, архитектуры и жилищно-коммунального хозяйства Татарстана.
В ноябре 2010 года назначен руководителем Департамента городского строительства города Москвы, сейчас возглавляет Стройкомплекс столицы.
Награжден орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени, имеет звание «Почетный строитель города Москвы». Марат Хуснуллин женат, у него трое детей.