Процедура определения лауреатов проходила в два этапа. Вначале список номинантов на получение награды был сформирован на основании рэнкингов, составленных партнерами премии – Национальным Рейтинговым Агентством и Аналитической системой Медиалогия. Информация о номинантах была опубликована в открытом доступе на сайте премии.
На втором этапе лауреатов конкурса традиционно определял Экспертный совет, в который входят бизнесмены, общественные и политические деятели страны. Голосование экспертов проходило путем анкетирования на основании рэнкингов и поданных заявок номинантов. По итогам заседания Экспертного совета был определен список лауреатов ежегодной бизнес-премии "Best.ru: Компании, Персоны, Проекты Года-2016".