Министерство РФ по налогам и сборам предъявило ЮКОСу налоговые претензии на сумму более 98 миллиардов рублей с учетом пени и штрафов. 29 декабря ЮКОСу был вручен акт налоговой проверки, в котором зафиксированы правонарушения за 2000 год, повлекшие неуплату налогов. Налоговики вменяют компании искусственное оформление оборотов с нефтью и нефтепродуктами через специально созданные организации, зарегистрированные в субъектах РФ и городах, предоставляющих дополнительные налоговые льготы. ЮКОСом были созданы и зарегистрированы организации в Республиках Мордовия, Эвенкия, Калмыкия, закрытых административно-территориальных образованиях в Челябинской, Свердловской и Нижегородской областях.