Спустя два года после захвата заложников в Театральном центре на Дубровке выяснилось, что организатором теракта был фактический владелец Прима-банка. Как пишут "Известия", ссылаясь на материалы дела, которое ведет Мосгорпрокуратура, захват в заложники зрителей мюзикла "Норд-Ост" был профинансирован из средств Прима-банка. Это выяснилось после того, как были установлены личности всех 42 террористов, участвовавших в захвате Театрального центра на Дубровке и убитых во время штурма. Один из боевиков, больше известный как Абу-Бакар, был идентифицирован как 30-летний Руслан Эльмурзаев - бывший чеченский милиционер, уроженец Урус-Мартана, а на момент захвата "Норд-Оста" - начальник службы экономической безопасности Прима-банка.
По данным "Известий", организатор теракта (так установлено следствием) 19 октября 2002 года у ресторана "Макдоналдс" на юго-западе Москвы и захвата Театрального центра на Дубровке 23 октября 2002 года Руслан Эльмурзаев лишь формально выполнял функции начальника экономической безопасности Прима-банка - на самом деле он был его владельцем и управляющим. А параллельно с банковской деятельностью активно участвовал в террористическом подполье. За несколько месяцев до взрыва у "Макдоналдса" на Юго-Западе и захвата заложников на Дубровке, Руслан Эльмурзаев взял на себя два кредита в своем Прима-банке: один на $10 тысяч, а другой на $30 тысяч. Основная часть денег пошла на приобретение двух микроавтобусов "Форд Транзит" и "Фольксваген Каравелла", на которых боевики приехали на Дубровку. Другая же часть была потрачена на поддельные документы для боевиков, а также аренду квартир для проживания.
В начале 2003 года бывший председатель правления Прима-банка Мусса Гатиев был обвинен в хищении более миллиона долларов из средств вкладчиков, размещавших депозиты в банке. Приблизительно в то же время член введенной в Прима-банке временной администрации был избит новым председателем правления Пулатом Усмановым и председателем совета директоров Мухарбеком Баркинхоевым. Вскоре после этого (17 июня 2003 года) Центробанк отозвал у Прима-банка лицензию на осуществление банковских операций. Впрочем, несмотря на это, банк до сих пор не ликвидирован, хотя и лишен права вести банковскую деятельность.