24 апреля 1967 года произошла первая трагедия в истории советской космонавтики: во время своего второго полета погиб Владимир Комаров, пилотировавший экспериментальный корабль "Союз-1". Во время экстренного спуска на Землю не раскрылся основной парашют спускаемого аппарата, а стропы запасного скрутились из-за сильного вращения. На скорости около 100 километров в час спускаемый аппарат врезался в землю в Оренбургской области и загорелся.
Вот как описывал увиденное в оренбургской степи Алексей Леонов: "Металл горел, как дерево. Когда комиссия прилетела на место, увидели удручающую картину: корабль осел и выглядел как песчаный холм высотой около одного метра. И металл расплавленный был, как лужа воды".
В народе ходили слухи о якобы страшных криках Комарова, которые слышали в радиоэфире на Земле, и что он перед смертью сильно ругался на конструкторов, создавших корабль. Леонов назвал все эти домыслы глупостью.
Спустя четыре года, 30 июня 1971 года, во время возвращения на Землю погиб весь экипаж корабля "Союз-11". Произошло это из-за преждевременного раскрытия клапана дыхательной вентиляции, спускаемый аппарат потерял герметичность, и, испытав жуткие мучения от нехватки кислорода, трое космонавтов погибли. В экипаж входили командир Георгий Добровольский, инженер-исследователь Виктор Пацаев и бортинженер Владислав Волков.
Больше аварий, связанных с гибелью космонавтов, в СССР и России не было, но нештатных ситуаций с кораблями "Союз" с момента освоения космоса было зафиксировано около двух десятков.
11 сентября 2013 года при возвращении космонавтов с МКС вышли из строя датчики космического корабля "Союз ТМА-08М". Часть пути космонавты летели на ощупь: экипаж не получал параметров о своей высоте, но, тем не менее, посадка прошла без перегрузок и пострадавших.
27 мая 2009 года после старта корабля "Союз ТМА-15" возникли проблемы с регулированием температуры, которые были устранены с помощью системы терморегулирования. На борту находились двое российских космонавтов и канадский астронавт.
14 августа 1997 года при посадке "Союза ТМ-25" раньше времени на высоте около шести километров сработали двигатели мягкой посадки. По этой причине приземление спускаемого аппарата было очень жестким, но космонавты не пострадали.
20 апреля 1983 года с 1-й площадки космодрома Байконур стартовал космический корабль "Союз Т-8" с Владимиром Титовым, Геннадием Стрекаловым и Александром Серебровым на борту. Из-за нераскрытия на корабле антенны системы сближения и стыковки "Игла" экипажу не удалось пристыковать корабль к станции. Проведя два дня на орбите, "Союз" удачно приземлился в заданном районе.
В апреле 1979 года на корабле "Союз-33" с российско-болгарским экипажем взорвался газогенератор, был поврежден резервный двигатель. Однако космонавтам удалось в ручном режиме благополучно посадить корабль, хотя и со значительным перелетом предполагаемой точки посадки.
В 1977 году Владимир Коваленок и Валерий Рюмин не смогли пристыковаться к космической станции "Салют-6". Сделав три попытки и истратив все топливо на своем корабле "Союз", космонавты были вынуждены вернуться на Землю.
Примерно в такой же ситуации оказались 15 октября 1976 года Вячеслав Зудов и Валерий Рождественский, но только их нештатная посадка была намного жестче. Корабль "Союз" приводнился на поверхность озера Тенгиз в Казахстане, покрытую кусками льда при окружающей температуре -20 градусов. Выходной люк оказался в воде, и космонавты чуть не погибли. Их спасли пилоты поискового вертолета.